طاعون ریوی نسبت به طاعون خیارکی نادر است، اما به شدت مسری و به مراتب کشنده‌تر است. این حالت هنگامی رخ می‌دهد که باسیل یرسینیا پستیس مستقیماً از طریق ریه وارد بدن می‌شود (نه از طریق پوست). طاعون ریوی می‌تواند از طریق راه تنفسی، از بیماری که به طاعون خیارکی دچار است به فرد سالم منتقل شود. سرایت به بیماری از راه تماس با مایعات و لباس‌های آلوده به باسیل یا تنفس قطرات معلق در هوا، که با عطسه یا سرفهٔ بیماران به محیط بیرون راه می‌یابند، انجام می‌گیرد. در این حالت، دورهٔ نهفتگی بیماری چند ساعت بیش‌تر طول نمی‌کشد. اولین علایم، تب، سرفهٔ شدید، اختلال در تنفس و استفراغ خون چرک‌آلود می‌باشد. فرد بیمار می‌تواند به حالت کما نیز برود. طاعون ریوی، حتی با درمان آنتی‌بیوتیکی نیز بسیار کشنده‌است و فرد را در حد اکثر سه روز از پای درمی‌آورد.
